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미생물에 존재하는 면역체계인 제한효소
인체에 병원체가 침입하면 이를 방어하기 위한 면역 반응이 활성화된다 박테리아와 같은 미생물들도 인간처럼 바이러스인 박테리오파지에 의해 공격받는다 따라서 박테리아에도 그에 따른 면역 체계가 존재한다 바이러스는 감염 과정에서 박테리아에 자신의 DNA(일부 바이러스는 RNA)를 집어넣어 복제를 실시한다 결국 박테리아는 본연의 기능을 잃어버린 채 그대로 무한히 바이러스를 생산하는 공장이 되어 버리기도 하고, 내부에서 복제된 바이러스가 박테리아 자체를 터뜨려 버리며 탈출하기도 한다 이런 사태를 막기 위해 박테리아는 제한효소restriction enzyme를 분비해 방어한다 제한효소는 세포 내로 외부 DNA가 들어왔을 때(1) 바이러스로 의심되는 특정 염기서열이 있는 것을 감지하면(2) 활성화되어 해당 DNA의 특정 부분 당-인산 골격을 끊어 버려 무력화하는 방식으로 작동한다(3) 한 예시로 대장균의 제한효소 중 하나인 EcoRI는 위와 같은 서열을 잘라 낸다 이러한 특성상 원하는 유전자 부위를 자르고 붙이는 유전자 가위의 역할을 수행할 수 있어 유전공학에서도 사용된다 제한효소는 I형, II형, III형 3가지로 분류된다 여기서 I형과 III형은 인식하는 서열과 절단되는 서열이 다르기 때문에 유전공학에서 사용하기에 적절하지 않다 그러나 II형은 인식 부위와 절단 부위가 일치하기에 유전자를 편집하기에 용이하므로 자주 사용되고 있다 다시 면역 이야기로 돌아와서, 이 때 제한효소(REase)의 공격을 받는 DNA 인식부위와 동일한 서열이 박테리아 자신에게도 존재할 수 있다 그런 상황에서 박테리아는 메틸화 효소(MTase)로 자신의 DNA에 외부 DNA와 구분되는 메틸기(-CH3)를 붙여 자가절단을 방지한다 다만 바이러스도 제한효소를 회피하기 위해 다양한 방식으로 진화했다 박테리오파지 P1은 제한효소 자체가 발동하지 않도록 박테리아의 제한효소 유전자에 먼저 결합하여 무력화하는 단백질을 가진다 박테리오파지 람다는 자신의 DNA에 메틸기를 붙여 외부 유전자임을 숨겨 감염시킨다 이 외에도 박테리아에 인식되는 자신의 DNA 부위를 제거해 버리는 방식으로 회피하는 바이러스 등 다양한 회피 전략이 존재한다 제한효소는 박테리아의 면역 방식 중 하나일 뿐이며, 바이러스 부착이 어렵도록 세포벽 변형, 바이러스에 대한 독소 분비 등의 수십가지 방식을 가지고 있다 심지어 박테리아 개체가 감염될 경우 군집 전체의 감염을 막기 위해 독소를 분비하여 '자살'을 하기도 한다 언뜻 만화 속 자폭처럼 최후의 수단처럼 보이지만, 이것도 자살유전자를 무력화하거나 해독 단백질을 만드는 유전자를 가진 바이러스까지 존재한다 박테리아의 면역체계에 대해선 아직도 알려지지 않은 부분이 많다 가장 잘 알려지고 연구되는 박테리아인 대장균조차 2022년에 기작을 알 수 없는 파지 면역체계가 새로 발견될 정도이다 어쩌면 지금 각자가 화면을 슬라이드하는 손 끝에서도 박테리아와 파지가 창과 방패의 대결을 벌이다가 전에 없던 새로운 시스템을 만들어 낼 지도 모르겠다 Gao, Z., & Feng, Y. (2023). Bacteriophage strategies for overcoming host antiviral immunity. Frontiers in microbiology, 14, 1211793. Zou, X., Xiao, X., Mo, Z. et al. Systematic strategies for developing phage resistant Escherichia coli strains. Nat Commun 13, 4491 (2022). Bernheim, A., Sorek, R. The pan-immune system of bacteria: antiviral defence as a community resource. Nat Rev Microbiol 18, 113–119 (2020). Kelly, A., Arrowsmith, T. J., Went, S. C., & Blower, T. R. (2023). Toxin-antitoxin systems as mediators of phage defence and the implications for abortive infection. Current opinion in microbiology,
작성자 : ㅇㅇ고정닉
미래의 잊히어진 꿈 - [3] 엔딩에 가까워지며
[시리즈] [시리즈] 미잊꿈 개발일지 · 미래의 잊히어진 꿈 - [1] 재개발 시작! · 미래의 잊히어진 꿈 - [2] 신규 스테이지 및 시스템 미래의 잊히어진 꿈 어느덧 재개발 3개월째가 되었습니다.열심히 달려오다 보니 어느덧 엔딩에 가까워진 단계까지 왔네요! 이번엔 간단하게 스테이지 추가 및 소소한 개선 정도이다보니 간략하게 소개하는 느낌이 되겠습니다.
4 스테이지 및 마지막 스테이지 완성나머지 스테이지인 4스테이지 및 마지막 스테이지를 완성하며 1회차까지의 분량까지는 개발이 완료된 상태입니다.아마 이전 개발일지를 보신 분이라면 "저번에 4스테이지를 완성하지 않았나요?"라고 물어볼 수 있을 텐데요아무래도 분량이 짧다는 의견들이 자주 나왔던지라 기존에 4스테이지였던 글리치 덤프를 5스테이지로 옮기고그 사이에 새로운 4스테이지를 만들기로 결정하였습니다!
4스테이지인 "네트워크 터널"은 인터넷 세계를 모티브로 픽셀풍 느낌으로 제작되었습니다. 인터넷 교류가 많아진 현재 또 다른 세상으로 볼 수 있는 만큼 다뤄보면 좋겠다 생각하였네요.
보스들의 경우 한때 감정과 한때 유행했던 플래시 게임 감성을 모티브로 한 "이모션 걸"각종 SNS 요소를 활용하는 소식 배달부 "위티"이것저것 파괴하는 컴퓨터 "데바이러스" 등 각종 인터넷에 있는 요소들을 활용하여서 만들었네요!
또한 마지막 스테이지도 완성하게 되었습니다! 아무래도 마지막에는 여러모로 스토리와 관련된 것이 많아 직접적인 언급은 힘들 것 같네요
다양한 개선들이번 달에도 스테이지 작업이 완료될 때마다 간간이 피드백 받거나 고찰해 보면서 추가적인 개선을 이루고 있습니다!
첫 번째로는 대시 조작 방식입니다. 기존에는 Shift를 꾹 누르면서 대시를 해야 했지만 이는 탑뷰 방식으로 추가적인 조작이 필요한 미잊꿈에서는 피로도 있는 방식이라고 생각되었습니다.그래서 이번에는 방향 키를 2번 연속 눌러도 대시를 할 수 있고 방향 키를 꾹 누르기만 해도 대시를 유지할 수 있게끔 하였네요.추가로 기존 방식처럼 Shift를 꾹 누르는 형식의 대시도 여전히 가능합니다!두 번째로는 악몽의 방의 개선이 있습니다. 악몽의 방은 본래 보스를 클리어하면 일정 확률로 문이 나오며체력을 지불하여 들어갈 수 있는 등가교환 방식의 구성이 많은 방이었습니다.하지만 어느 정도 리스크를 감안해야 하는 특성상 범용성 및 안정성이 떨어지고 그만큼 선호도가 높지 않았습니다.그래서 어떻게 악몽의 방 활용도를 높일까에 대하여 고민한 결과 입장 자체로 리스크는 있는 만큼아예 매 스테이지 입구마다 언제든 리스크를 감안하고 들어갈지 말지에 대하여 선택할 수 있는 방식으로 개선하였습니다.세 번째로는 전체적인 아이템 물가 및 보스 보상 부분입니다. 이전에는 보스 보상의 코인이 상점에서 아이템을 1개 정도만 구매할 수 있는 양이어서 코인이 사용되는 각종 요소를 활용하기 어렵고 원하는 빌드를 맞추기 힘들다는 점이 있었습니다.
그래서 보스 상자에서 지급하는 코인을 대폭 늘리고 아이템 물가도 전체적으로 낮추며 더욱 유연한 코인 사용 및 빌드를 맞출 수 있도록 개선하였네요.
마지막으로는 주사위방 개선입니다.
주사위방은 원래 무작위 보상을 주는 대신 주사위의 숫자에 비례하여 좋은 보상을 얻을 확률을 증가시켜주는 보상인데요.
하지만 단순히 평소보다 좋은 보상을 얻을 확률이 증가한다 정도로는 불확실한 보상을 선택하기엔 매력적이지 않아 보였습니다.
그래서 기존 주사위랑 함께 주사위의 숫자에 비례하여 코인 및 음식을 획득하거나 아이템 선택지를 제공하는 등
더욱 리스크 및 리턴이 극명해지면서 주사위 방만의 매력 및 활용도를 올리고자 하네요.
앞으로의 계획
한동안 완성을 목표로 달려서 그동안 놓친 부분들도 많지 않을까 싶어서 다음 달은 몇몇 기능 추가나 추가적인 개선에 집중해 보면서 정리해 보는 시간을 가져보지 않을까 싶습니다!
미잊꿈 완성도 머지않았네요
추가로 아래의 링크에서 새롭게 추가된 4스테이지가 포함된 데모 버전 배포 및
설문도 받고 있으니 많은 참여 부탁드립니다![데모 소개 페이지]
작성자 : 노마리고정닉
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